検索エンジンでの表示設定(インデックス設定)
1. WordPress標準機能のインデックス設定
管理画面左メニューの設定 > 表示設定にある「検索エンジンでの表示」の項目で設定できます。

2. 各投稿タイプごとのインデックス設定
同じ設定ページの以下の項目で各投稿タイプごとにインデックスのデフォルトを設定することができます。

3. Cocoonのインデックス設定
本テーマの親テーマである「Cocoon」にもインデックスを変更できる機能が備わっており、各編集ページ下部にあるSEOの項目で各ページごとのインデックス設定ができます。

ただし、この機能は前述のWordPressのインデックス設定で「 検索エンジンがサイトをインデックスしないようにする」のチェックを外した時のみ適用されるようになってるので、
「基本はインデックスさせたくないけど一部のページだけはインデックスさせたい」
といった場合は前述の「各ページごとのインデックス設定」にて設定すれば良いかと思います。
4. ページ単位でのインデックス設定
各ページごとに設定したい場合はカスタムフィールドの「インデックス設定」の項目にて設定できます。

各インデックス設定の優先度
インデックス設定の優先度
4.各ページ単位 > 3.Cocoon > 2.各投稿タイプごと > 1.WordPressの表示設定
各インデックス設定の優先度としては「4.ページ単位でのインデックス設定」が最も高く、他の項目で設定していても全て上書きされるようになっています。
本テーマのユーザーさんは広告運用での利用が圧倒的に多いので、基本的にはWordPress側でインデックスしないように設定しておいて、インデックスさせたいページのみ各ページ単位でインデックスさせれば良いと思います。